Надо ли подзарядить аккумулятор при его разрядке на 40%?

Желательно, периодически стоит заряжать аккумулятор зарядным устройством, особенно, если поездки частые и короткие.

Не подзарядить, а уже можно сказать — зарядить. До такой разрядки доводить вообще не желательно, так как при глубоком разряде пластины усиленно сульфатируются и после сульфатации очень сильно теряется ёмкость аккумулятора. Надо учитывать саморазряд любого аккумулятора. Чем дольше стоит без подзарядки тем быстрей разряжается.

Узнав, что аккумулятор ослаблен, надо выяснить причину его разрядки.
Исправен ли генератор?
Нет ли замыкания в проводке автомобиля? Достаточно ли электролита в батарее и какова его плотность?
На современных автомобилях, при исправном генераторе, «молодые» аккумуляторы, быстро подзаряжаются на автомобиле (если конечно батарею не «убили» очень долгим запуском мотора).