Хрустит коробка передач ВАЗ 2108

Возможно нет полного отключения сцепления.
Или возможен износ коробки передач.

Испытайте при выключенном моторе. Переключайте спокойно без излишней спешки.
Если при неработающем двигателе переключения хорошие, значит проблема в сцеплении.
Проверьте регулировку педали сцепления, проверьте регулировку троса сцепления.

Хруст при переключении на вторую передачу, я так понимаю это на ходу, это говорит об износе синхронизаторов второй передачи. Хруст при переключении с нейтральной на заднюю + первый случай, скорее всего это либо не полностью выжимаете педаль сцепления, либо погнута вилка выключения сцепления, либо большой свободный ход педали и диск сцепления не полностью отжимается — ведёт сцепление. Возможно поломка сцепления или деформации диска от перегрева.