Не работают дворники на ВАЗ 2109

Проблема может быть например в подрулевом переключателе, проверьте реле К3, проводку до электромотора дворников. 

Вы заменили только моторчик?   Редуктор остался старый? 

Причины не работающего стеклоочистителя могут быть:
-Вышел из строя предохранитель
-Нарушено переключение режимов
-подгорели контакты переключателя
-возможно окисление контактов
-ослаблены крепления
-в редукторе имеются повреждения на зубьях шестеренок
-нарушения в проводке.
Если сгорело реле, то на последнем положении должны дворники работать. 

 И можете почитать здесь: ВАЗ-2109: дворники не работают. Возможные причины неполадок ...