Нужно ли прошивать ЭБУ после удаления сажевого фильтра?

Обычно все эти проблемы возникают у бензиновых автомобилей с катализатором. Там да, и варианты с прошивками бывают; и варианты с обманками применяют; ставят пламегасители, стронгеры.

Вы написали про сажевый фильтр, значит на вашем авто стоит дизельный мотор, ну значит и не нужна никакая прошивка, тем более что вы уже увидели что ЭБУ и ошибку не выдаёт.
Сажевый фильтр, это просто фильтр выхлопа, а не катализатор — нейтрализатор вылетающих остатков топлива.