От чего, на уличной стороне дверей авто, снизу, появляется ржавчина под краской?

Возможно водичка попадающая через уплотнитель стекол во внутрь не сливается. Проверьте, не засорены ли отверстия для стока воды, внизу с внутренней стороны двери. Ржу конечно же надо удалять, шпаклевать и красить, а то вентиляция вам будет обеспечена.

Железо прогнило насквозь. И начало гнить изнутри. Обрабатывать надо было.

Необязательно прогнило. Может быть мелкая царапина появилась и год за годом попадающая вода отделяла краску от металла замерзая и оттаивая. Обдирайте это поскорее, зачищайте и хотя бы загрунтуйте с баллона.