Троит движок Фольксваген Бора

Здравствуйте. Начните с замены свечей, проверки вв проводов/катушки зажигания/катушек зажигания, стоит проверить проверить давление в топливной системе и работу форсунок, так же стоит проверить компрессию на холодную. По поводу стука, стоит прослушать двигатель стетоскопом (стучать могут например клапана).

Судя по году выпуска на вашем моторе должны стоять уже гидрокомпенсаторы.
Вот они и стучат на холодном моторе пока не наполнились маслом. Какие-то недорабатывают как надо, потому и "… при езде немного дергает..."

Похоже их надо снимать, промывать и прокачивать, а какие-то возможно придётся и заменить.

Если бы точно знать модель вашего двигателя, то я бы смог сказать какие гидрики у вас стоят

Такие

Или такие

Можете посмотреть видеоролик как промывают гидрокомпенсаторы
«Ремонт, разборка, промывка и проверка гидрокомпенсаторов. Volkswagen, Audi, Skoda и др.»