Начал двигатель стучать в ВАЗ 21099

Да, при недостатке масла в двигателе, он вполне мог заглохнуть из-за заклинивших вкладышей коленвала(при остывании двигателя они отпустили вал). А потом при запуске там возможно остаток вкладыша провернуло, сработало его и теперь результат — стук двигателя. Это одна из версий. А задрать могло и распредвал. В общем смотря какой стук (вернее звук) и в какой он части двигателя.

Вскрывайте клапанную крышку — осматривайте распредвал. Вскрывайте поддон — осматривайте коленвал. Ищите причину стука — должно где-то хорошо люфтить.