Сгорел иммобилайзер и мозги Хендай Соната 3

Во первых: если меняете ЭБУ точно с таким же артикулом, то должно всё работать и без прописки (это не форсунки, у которых может быть разное время впрыска, давление и т.д.).
Во вторых: если у ЭБУ немного другой артикул, он возможно тоже может работать с данным двигателем (не во всех случаях, но надо сверяться с таблицами). А вот иммобилайзер, в таком случае может и не работать, потому что нет его программы в этом другом ЭБУ (хоть запрописывайтесь, но этот ЭБУ если не рассчитан работать с иммобилайзером).
В третьих: может и ЭБУ хорош и у него схема для иммобилайзера есть, но… может проблема быть в чём-то другом (например нарушена антенна иммобилайзера, которая около замка зажигания).
Или ещё проще: предохранители сгоревшие.

Что там у вас произошло до замены? И что вы делали, подробнее напишите?

Нужно прописать ключи к иммобилайзеру. Если все прописано, то проверьте сканером, разрешен ли запуск двигателя иммобилайзером, может проблема в другом. Проверьте предохранители еще.