Загораются красным значки на панели в Фольксваген Пассат Б6

Это означает, что есть ошибки по акпп, а какие и из за чего, это уже диагностика сканером подскажет, может быть все, что угодно. Проверьте еще уровень и состояние масла в акпп.

Масло в разъёме датчика. Снимешь защиту, найдёшь этот датчик, он вместе с разъёмом весь в масле будет. 

Масло является диэлектриком. Скорее всего всё-таки вода попала.

Если бы вода попала в разъем, то не было бы такого «Останавливаюсь, глушу мотор, через пять минут еду, все нормально», как минимум контакт плохой или же ошибка скидывается, потом при работе опять появляется, без кода ошибки одни гадания.

Датчик диапазона коробки передач (TR) предупреждает о чём-то.
Возможно плохой контакт на соединительной колодке проводов. А может попала в него сырость, вот она там и делает перемычки иногда (надо снимать, вскрывать и сушить).