Перестал заводится после замены АКПП на МКПП Пассат Б5

Мотор какой? Единственное что приходит в голову это сменили маховик и при этом у вас датчик положения коленвала теперь не работает

Проверяйте соединения на всех датчиках (особенно на ДПКВ), возможно есть недовключение или обрыв провода (обращайте внимание на изгибы).

Бензин или дизель? Проверьте есть ли искра и импульс на форсунки, если нет, то проблема в иммобилайзере (нужно проверить сканером, разрешен ли запуск двигателя иммобилайзером) или в датчике коленвала (проверьте сканером, видит ли ЭБУ обороты двигателя при прокрутке стартером).

Прошивку ЭБУ то же меняли? Лучше провести диагностику сканером и проверить параметры работы датчиков двигателя. Если импульс на форсунки есть, а искры нет, то проблема может быть в проводке, разъеме, катушке зажигания. Американца вроде бы не запускаются без выжима сцепления, т.е. нужно проверять концевик педали сцепления и его цепь (может ваш случай).