После капремонта не заводится 1mz

Не зная как ремонтировали, возможно это шутка от гидрокомпенсаторов.

Как правильно собрать шестерню vvt на впускном валу?

Шестерни впускных распредвалов должны заменяться в сборе! Они не подлежат разборке-сборке.

После капремонта нет компресии. Метки в норме, не могу завести.

Ну а как ты её вообще забирал? Что так было изначально? Сам куда залазил? Посмотри датчик распредвала. Рабочий?

Если нет компрессии, то электроника не причина. Муфта не может менять углы настолько кардинально. Что-то не так с ГРМ.

Кстати, если разбирали муфту, то придётся менять на новую.