Есть ли отличие блоков двигателей BBY и BKY Шкода Фабия?

Какого «ждет решения» автор вопроса? 

 Хорошо, отвечу конкретно на поставленные 2 вопроса.   

«Есть ли отличие блоков двигателей BBY, BKY под механическую коробку передач и под коробку автомат?» —   

— Отличия блоков двигателя нет. Есть отличие маховиков, вернее на МКПП есть маховик для установки дисков сцепления, а на блоке под АКПП маховика нет, там устанавливается зубчатое колесо для запуска мотора стартером.   

«Можно ли поставить блок двигателя BBY с АКПП под головку BKY от испорченного блока под АКПП?»    --

— Поставить можно, блоки этих моторов взаимозаменяемы. Только чаще всего спрашивают можно ли поставить ГБЦ от другого мотора на блок цилиндров, а не блок цилиндров под головку, но это не важно, суть остаётся та же.

Двигатель не изменяется, он остаётся одинаков. А вот коробки могут видоизменяться.

Вообще это одинаковые двигатели, так как даже например смотришь по каталогу 1.4 16V (AUA, BBY, BKY) все запчасти одинаковые.