Почему стекло до конца не поднимается, ВАЗ 2109?

Ну вот не видно отсюда, что Вы не так сделали. Снимите обшивку, посмотрите что не даёт подъёмнику до упора дойти.

Регулируется болтиками 1 и 2. Ослабляете, поднимаете стекло до упора, затягиваете, проверяете как закрывается, при необходимости переделываете поднимая и опуская ту или иную сторону. Кроме того сам держатель может быть сломан и болтаться на направляющей.

Значит его перекашивает и клинит в полозьях. Нужно регулировать полозьями, которые в двери.