Как сделать что бы шлицы первичного вала встали на свое место?

Всё правильно вам объяснили. Главное точно отцентровать диск сцепления, а при установке коробки к двигателю по не много как бы наклоняя коробку по часовой и обратно шлицы войдут без проблем. Можно включить какую нибудь передачу и с прокручиванием совместить шлицы и установить коробку. Шлицы в точь в точь на коробке и диске ни кто не выставляет, да это практически и не возможно.