Скрипит задняя дверь в Пассат Б3

Если универсал, то почитайте по ссылке и этой ссылке. Так же попробуйте смазать силиконовой смазкой уплотнитель, еще стоит проверить общее состояние уплотнителя, возможно его нужно заменить.

Еще например может скрипеть обшивка багажника.

А петли уже износились? Из за этого может скрипеть, по восстановлению петель почитайте по ссылке и этой ссылке, так же посмотрите видео. Попробуйте еще смазать специальной силиконовой смазкой уплотнители дверей.