Перепутали местами гидроопоры, может ли загнуть клапана?

Если гидрокомпенсаторы не заклинившие, нету разницы куда были установлены.

При сборке ГБЦ и установке гидрокомпенсаторов, надо обязательно вычищать гнёзда, куда они вставляются (убирать грязь, масло). Если этого не сделать, установить гидрокомпенсаторы, вот тогда возможен загиб клапанов или при запуске будет сильно мотор колбасить и он будет глохнуть, если клапана не загнёт, то отметки на поршнях точно останутся.
На ВАЗ 2123, часто люди избавляются от старой контрукции гидрокомпенсаторов (они не очень удачные) и устанавливают регулировочные болты, либо меняют старые гидрики на новую конструкцию гидрокомпенсаторов.