Подойдет ли ЭБУ от C16NZ2 на C18NZ?

Они совсем разные там.

Номера на корпусе ЭБУ сравните.

Как минимум в прошивке мозгов, это связано с разным обьемом в камерах сгорания и потому режимы работы моторов будут немного отличаться. Хотя это можно и не заметить при эксплуатации. Имеем опыт замены 2,0 на 1,8 у Фокуса, мозги не меняли, особых изменений не заметили!

Разница может быть в комплектующих другого авто, иммобилайзер например, если все примерно одинаковое, пробуйте-возможно не понадобится менять.