Гольф 3 трясет на холостых

Трясёт на холостых — это скорее всего подсос воздуха. Дымогенератор в помощь поиска щелей.

Ровная работа мотора зависит не только от новых проводов и новых свечей зажигания.
Плюс ко всему, ещё и подушки крепления двигателя поменяли, но изменений нет — это значит, что проблема внутри двигателя.
Это могут быть, неплотно прилегающие клапана.
Это может быть, большая разница компрессии между цилиндрами.
Ну и плюс, как подсказал «Николаевич», проверяйте стыки на неплотность прилегания.

А то, что «колбасит» только на холостых оборотах, это именно потому что обороты небольшие. А на увеличенных оборотах, сглаживаются все те недостатки которые имеются, потому и тряска менее заметна (или совсем пропадает).

Если сделано только то, что перечислено в вопросе, тогда остаётся думать на не совсем исправную катушку.
Когда их ресурс кончается, они бывает так и работают, на холостых — с перебоями, а потом прогреется, в поездке всё нормально.

А обороты двигателя при этом какие? Может они низкие и их не хватает? Если в норме, то проверьте подушки двигателя и кпп. Если не в норме, то почистите регулятор холостого хода (РХХ) и дроссельную заслонку.