Почему после замены коробки сцепление стало туже выжиматься, ВАЗ 2115?

Ход педали сцепления отрегулировали? Должен быть 125–135

При установке не возникало проблем, легко вошел первичный вал?

Причина может быть в самой оплетке троса. Может она перетерлась и происходят закусы. По крайней мере в моей двенашке это частая проблема. Попробуйте смазать внутри трос маслом.

Ну а причем тут первичный вал, я так понимаю вы сцепление не снимали и корзина осталась на месте и никуда не сместилась. А если положение педали изменилось то и включение/выключение будет в другом месте. Если включение будет раньше чем было раньше, то будет казаться что педаль тяжелее. Просто если вы больше ничего не делали, то больше ничего пока не напрашивается.