На холодную хлопки в коллекторе Шкода Октавия А4 BFQ

Проверьте метки ГРМ, распыл форсунок и держат ли они при простое, давление топлива манометром. ГБО не стоит?

Четвёртое поколение ГБО. 

Это значит каждый запуск двигателя только на бензине. Газовое топливо никогда не будет поступать, если мотор работает на бензине. Если форсунки газовые неисправны, то может они и будут пропускать газ, но… только в тот момент   когда перекроется бензин, и   газовое ЭБУ подключит газовое топливо к трубкам форсунок. 

А вот когда мотор работает на газовом топливе, там может быть смешение с бензином, если не держат вдруг форсунки бензиновые, так как при переключении на газ,  в топливной рампе остаётся бензин под давлением. И смотря по какой схеме подключено ГБО, возможно даже будет работать бензонасос, то есть он будет удерживать давление в рампе.  

У газовых форсунок нет топливной рампы. Газ подаёт редукторпо команде газового ЭБУ. Если нет такой команды, то электроклапан перекрыт и газ не будет подаваться. Такое перекрытие происходит в момент выключения зажигания. А когда новое включение зажигания, то это запуск на бензине. Газовый ЭБУ просканирует температуру нагрева двигателя (вернее температуру охлаждающей жидкости), и если она достигла примерно 45 градусов Цельсия (ну или мотор нагрет и температура уже и более 45-ти), тогда отключается импульс на включение бензиновых форсунок, начинает свою работу газовый ЭБУ открывается электроклапан газа, включаются в работу газовые форсунки. Когда хорошо настроено ГБО, то это переключение практически  почти и чувствуется. Был у меня автомобиль «Волга Сайбер» с ГБО 4-го поколения, запускается на бензине, согревается, поехал потихоньку и даже не чувствовалось иной раз переход на газовое топливо (едешь и едешь и только по индикатору смотришь, а мотор оказывается уже на газе работает).

Исходя из этого, ваши проблемы связаны только с работой двигателя на бензине. 

Проверьте, нет ли подсоса воздуха во впускной коллектор. Например это может быть соскочившая вакуумная трубка (или лопнувшая). Может и впускной коллектор поведён или лопнул (проверяется дымом или спреем по периметру во время работы на холостом ходу. Как только попадёте струёй на проблемное место, то двигатель изменит обороты).

А может и ещё один вариант: загажен РХХ (если таковой имеется), его надо промыть карбклинером, если он отсутствует, тогда промыть электронную заслонку.

И ещё: хлопки в коллектор, может зажигание раннее из-за неисправного датчика детонации.  Вы диагностику делали, на предмет выявления ошибок?