Стук в коробке передач при нажатии педали газа

Скорее всего это не коробка, а подушка двигателя пришла в негодность. Резиновый демпфер развалился, и при резком нажатии на педаль, двигатель наклоняется, и 2 железные части подушки бьются друг о друга.

Начните с проверки внутренних шрузов приводов. Когда в гранате рассыпается подшипник, то наружные начинают хрустеть на повороте, а внутренние именно стучать при разгоне, то есть под нагрузкой.