Есть смысл протачивать тормозные диски Ауди А6 С6?

Если после проточки тормозных дисков остаётся допустимая толщина то можно проточить. Если износ дисков большой и имеются дефекты в виде перегрева или иные дефекты, то лучше заменить на новые.

Допустимый износ задних тормозных дисков 2 мм от общий толщины, если больше, то уже нужно менять, протачивать нельзя при этом. По ссылке в самом низу выберете ваш двигатель, в разделе Тормозная система будет указана толщина тормозных дисков и допустимый износ.

Судя по годам выпуска, значит и пробег уже большой. Пробег большой, значит и износ сильный. И значит и протачивать не имеет смысла.
Пора ставить новые диски.