Хлопки в глушитель ВАЗ 21093

Какой пробег автомобиля?  

Коротко, самые распространённое что встречается в таком случае: 

— позднее зажигание (карбюраторный мотор), 

— не отрегулированные зазоры клапанов (выпускной клапан остаётся открытым, топливо проникает в выпускной тракт и там догорает (взрывается -  хлопки), 

— и ещё раз про клапана, может быть прогоревший клапан, через него проникает бензин в выпускной тракт (снова хлопки взрывы).

Хотя и фрезерованнная ГБЦ и  и она с регулированными клапанами, всё же сделайте замер компрессии  (самое главное, это не должна быть разница между цилиндрами, более 1атм).  

Форсунки если не трогали, то снимите их, и в сервис на промывку и проверку распыла. Если текут, то заменить. 

Свечи, рхх, ддз, дк, модуль зажигания новые. ГБЦ с капиталки с отрегулированными клапанами, отфрезерованная. Неисправность осталась.

Возможные причины описаны в статье Стреляет в глушитель.