При работающем двигателе мигает все освещение

Очень может быть. Теперь снимайте и проверяйте сопротивление изоляции якоря. Может быть что пайка коротит на корпус. А может и кольца между собой. Или одна из щёток касается обоих колец. То есть возможны варианты. Для справки: то что Вы меняли называется коллектор.

Дело было в якоре. Для интереса ставил в рабочий генератор — так же мигает. Якорь новый, из магазина.

Заново разбирать и смотреть генератор… Возможно щётки зависают.

Ну, если не генератор, то может быть монтажный блок, он «удачно» расположен и всегда купается во влаге.