Иногда не качает бензонасос ВАЗ 21099 инжектор

Попробуйте поджать сами пины («мамы»), возможно пропадает контакт, еще стоит проверить сами провода около разъема.

Ну да, возможно какой-то провод около фишки плохо контачит.

А ещё вариант подклинивающего бензонасоса вполне возможен. В разъём передёргиваете, импульс тока подталкивает моторчик в насосе, потом он в какой-то момент опять может подклинить и остановится.

На всякий случай информация: электробензонасос всегда должен работать в бензине, если топливо до нуля закончилось, бензонасос оголился перегрелся — вот и проблемы.